Az Egyetemi Könyvtár folyóirat-gyűjteménye teljeskörűen kereshetővé vált az online katalógusban. A könyvtár korai történetében a természetfilozófiai, teológiai, eszmetörténeti folyóiratok kerültek előtérbe, később a gyűjtőkör megváltozásával és az egyetemi karok fejlődésével túlsúlyba kerültek a történettudományi, filozófiai, jogtudományi, egyház- és vallástörténeti folyóiratok. A periodikaállomány bővülése folyamatos, az oktatást és kutatást szolgáló hazai tudományos szakirodalom mellett neves külföldi folyóiratok is hozzáférhetők.